《赛德克·巴莱(上)：太阳旗》以1930年雾社事件为背景，讲述赛德克族马赫坡社头目莫那·鲁道从青年到中年的成长历程。影片前半段聚焦日据初期，日本为控制山区资源，强行推行“理蕃政策”，剥夺原住民狩猎、纹面与猎首传统，迫使赛德克人伐木、搬运，并遭受警察欺凌。莫那·鲁道曾赴日本参观，目睹现代文明与族人处境的巨大落差，内心矛盾加剧。

随着压迫升级，年轻一代赛德克人如巴索·莫那等，在屈辱中萌生反抗意识。莫那·鲁道虽深知起事代价惨重，但为守护祖灵与部落尊严，最终决定联合十二个部落，趁雾社公学校运动会之机发动突袭。影片以史诗笔触刻画赛德克人的信仰“彩虹桥”，展现他们在文明冲突与民族存亡间的悲壮抉择，为下部《彩虹桥》的决战埋下伏笔。