《三块石》以甲午战后日本移民东北为背景，讲述那些在中国出生、长大的日本侨民子女，在抗日战争洪流中的命运浮沉。他们自幼接受中国文化，却背负日本血统，对两国怀有难以言说的复杂情感。战争爆发后，有人被征召入伍，有人加入反战同盟，也有人在被改造中重新审视自己的身份与立场。

影片围绕“三块石”这一地点展开，象征三方力量的碰撞与融合：血缘、故土与正义。主角在亲情、友情与民族大义之间挣扎，最终选择站在良知一边。故事细腻刻画战争对普通人的撕裂，也展现人性在极端环境下的觉醒与救赎。