《黑湖妖复仇记》将经典怪兽恐怖与生态复仇主题结合。故事始于一支国际科考队进驻亚马逊流域，他们在黑湖底部发现罕见生物样本，却不知那是水怪产卵的巢穴。队长私自将一枚卵带回营地，当晚水怪便循迹而至，以极快的速度与惊人的咬合力撕碎帐篷与船只。

幸存者沿河逃亡，却发现水怪并非无差别杀戮——它只攻击携带卵的人。队员陆续惨死，有人被拖入水下，有人被抛向礁石。最终三人抵达废弃的远古祭祀遗址，壁画揭示：水怪曾是当地部落供奉的湖神，因人类偷猎幼崽而化为复仇恶灵。

女主角决定炸毁湖底通道，却在引爆前听到无数幼崽的啼鸣。镜头拉远，整片黑湖泛起密密麻麻的涟漪。爆炸引发洪水，水怪在烈焰中沉入深渊，但最后一幕显示：一只幼崽被冲入支流，正缓缓睁开眼睛。