《逃亡医F》讲述天才脑外科医生藤木圭介的绝境逆袭。他本拥有光明前途与挚爱，却因恋人八神妙子离奇坠楼，被指控为杀人嫌犯。一夜之间，他从手术台前跌落至逃亡之路，被迫舍弃身份与荣耀，化名鸣海健。

逃亡途中，他凭借超凡医术，屡次在危难时刻救治陌生人，却也因此不断暴露行踪，陷入警方与神秘势力的双重追捕。每一次出手，都让他离真相更近，也让他陷入更深的阴谋漩涡。

故事交织着悬疑追踪、医者仁心与情感救赎。藤木必须在躲避追捕的同时，调查恋人死亡的真正原因，揪出幕后黑手。他时而以医生身份现身，时而以逃犯身份隐匿，在生死边缘游走，用手术刀与智慧对抗命运的不公。

随着线索层层剥开，他逐渐发现案件背后隐藏的惊天秘密，而这场逃亡，最终成为他洗清冤屈、捍卫正义的唯一战场。